在第二次新吉翁戰爭、別名『夏亞的逆襲』終結後，地球圈取得了短暫的和平。

這之後3年，宇宙世紀0096年。在工業殖民地『工業7號』上進行了一項秘密交涉。和地球聯邦政府有秘密協議，並依此發展的『畢斯特財團』打算將過去用以威脅聯邦的最高機密『拉普拉斯之盒』交給新吉翁的殘黨軍『帶袖的』。

另一方面，在亞納海姆工業專門學校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·伯恩的少女。

奧黛麗為了制止新的戰爭爆發，必須阻止『拉普拉斯之盒』的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之後，逐漸被她所吸引。

隨後，地球聯邦察覺了這起交易，並進行軍事介入，工業殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著奧黛麗，而出現在他面前的是畢斯特財團的當家卡帝亞斯·畢斯特。奄奄一息的卡帝亞斯將身世的秘密告訴了巴納吉，並且將盒之鑰匙--『RX-0 獨角獸鋼彈』託付給他。

隨後，一場圍繞『拉普拉斯之盒』的戰爭開始了。